肛瘘手术复发率是比较高的，因为临床当中有些肛瘘是高位的肛瘘，而且瘘口比较多，尤其是形成的高位复杂肛瘘，术后复发率会达到百分之五十以上。因此在做肛瘘手术时，一定要找到正确的内外口，而且将肛瘘所有的开口逐一进行切开、结扎或者是缝合。通过这种仔细查验或者是仔细查找，将所有能够导致肛瘘的一些瘘口诱发因素都处理的得当，那么相对来讲肛瘘手术的复发率才能够有所下降。而且术后要积极的预防感染，保持大便通畅，避免吃一些辛辣、刺激性食物，减少便秘对术后局部肛门的一些刺激，这些因素都有可能会减轻肛瘘手术后的复发问题。