扁桃体发炎应在医生的指导下选择抗菌药物、解热镇痛类药物等，需要根据不同的感染源和炎症程度选择不同的药物。由细菌引起的发炎主要应用抗生素药物，由病毒引起的通常无需药物治疗。抗菌药物局部口腔用药可以应用含漱液、含片和喷雾保持口腔及咽部清洁。此外，细菌引起的发炎可在医生的指导下，用青霉素类抗生素，而病毒引起的发炎则不需要服用药物、解热、镇痛药物。如果发炎导致咽部疼痛剧烈或高热时，可选择退热药及镇痛类药物。